از آنجائیکه طرحنامه ها پس از بررسی و ارزیابی داوران مورد تصویب شورای پژوهشی و وزارت علوم، تحقیقات و فناوری قرار می گیرد، لذا کنترل محتوایی و شکلی برای دستیابی به یک طرح موفق ضروری است. اقدامات زیر جهت حصول اطمینان از کیفیت مناسب طرحها انجام می گردد:
طرحنامه های دریافتی پس از ثبت توسط کارشناس گروه امور پژوهشی و پایگاه اطلاعاتی با طرحنامه استاندارد سازمان مطابقت داده می شود و قبل از ارسال برای ارزیابی، نقایص و کاستیهای آن از طریق پیشنهاد دهنده طرحنامه برطرف می گردد.
انتخاب داوران طرح نامه توسط معاونت پژوهشی مرکز آموزش، پژوهش و برنامه ریزی انجام می گیرد.
در صورتی که موضوع طرحنامه با وظایف یکی از واحد های سازمانی مرتبط باشد، یک نسخه از طرحنامه جهت ارزیابی برای واحد سازمانی مربوطه ارسال می گردد.
طرحنامه هایی که از طرف دو داور ضعیف ارزیابی شوند، رد شده تلقی می گردند و توسط سامانه مدیریت اطلاعات پژوهشی به اطلاع مجری خواهد رسید.
در صورت تایید اولیه داوران، نتایج داوری جمعبندی و جهت بررسی و تایید نهایی به شورای پژوهشی ارسال می شوند. شورای پژوهشی می تواند از ارائهدهنده طرحنامه جهت ارائه توضیحات و دفاع از طرحنامه دعوت به عمل آورند.
در صورت رد طرحنامه توسط شورای پژوهشی مراتب به ارائه دهنده طرحنامه اطلاع داده می شود.
در صورت تایید طرحنامه توسط شورای پژوهشی، طرح پژوهشی برای اخذ کد رهگیری در سامانه سمات وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ثبت می شود.
در صورت اخذ کد رهگیری از کمیسیون مربوطه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، مقدمات عقد قرارداد فراهم می گردد.